El Instituto Nacional de Innovación Agraria (INIA) ha identificado cinco variedades nativas de ajíes. Se trata de Miscucho, Charapita, Dulce Rojo, Tomatito Rojo y Allucllo que reúnen niveles adecuados de olor, color, aroma y picor; asimismo, poseen alto contenido de carotenoides (entre 173 y 235 mg) y capsaicina (entre 1,337.71 µg/g y 413.63 µg/g).
La caracterización físico química nutricional y compuestos bioactivos demostró que, por ejemplo, los ajíes Tomatito Rojo y Dulce Rojo presentan un color rojo asociado a los catotenos, alto rendimiento en campo y son aromáticos. En tanto que el Miscucho, Charapita y Allucllo poseen un buen picor y son adecuados para comidas como el ceviche.
Estas especies, poseen además pigmentos ideales para la fabricación de cosméticos; así como vitamina C y antioxidantes, que le confieren y respaldan su uso en la medicina tradicional para tratar diferentes males como anemia, hipertensión, diabetes, entre otras.

Actualmente, el INIA posee el banco de germoplasma con mayor diversidad de ajíes en el mundo, que concentra 413 accesiones de este cultivo agrupadas en cnco especies de las más de 20 que existen a nivel mundial. Entre ellas figuran Capsicum annuum, Capsicum baccatum, Capsicum chinense, y Capsicum frutescens, y Capsicum pubescens.